A fines del año 1999, el presidente de la Asociación Nacional de Consejeros Regionales Sr. Manuel Tobar Leiva, apoyado por los Consejeros Regionales de la región de Valparaíso, en conjunto con el Secretario Ejecutivo del programa universidades y gobiernos regionales Sr. Patricio Sanhueza, le proponen a los miembros del Programa UES-GORE de la región de Valparaíso, la iniciativa de constituir un Centro de Estudios de la Región de Valparaíso. Los concejeros y los miembros universitarios del programa hicieron suya la

iniciativa y redactaron un primer borrador aprobado en el Concejo Regional y por los rectores de las universidades. Por consiguiente, el 14 de enero de 2000, el Gobierno Regional de Valparaíso, representado por el Intendente Regional Sr. Gabriel Aldoney Vargas y las Universidades del Consejo Regional de Rectores, suscribieron un convenio para la constitución del Centro de Estudios de la Región de Valparaíso – CER.

Luego de un periodo de receso, con fecha 31 de marzo de 2004, el Intendente Regional Sr. Luís Guastavino Córdoba, con participación de las cuatro universidades tradicionales de la región y representantes del Consejo Regional acordaron relanzar las actividades del CER y ampliar su Directorio, invitando a las universidades privadas que tienen casa matriz en la región y a otras instancias públicas y privadas relacionadas. De esta forma se procedió al relanzamiento del CER, cuyo Directorio ha quedado constituido por los rectores de las universidades: Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, de Playa Ancha, Santa María, de Valparaíso, del Mar, de Viña del Mar, Marítima de Chile y de Aconcagua; por cada una de las instituciones que conforman el Directorio del Comité Público Privado (CPP); por dos representantes del Consejo Regional, y por el Intendente Regional. Esta nueva institucionalidad fue formalizada durante el año 2005, por medio de la firma de una modificación al convenio original

Dicho Directorio resolvió designar un Director Ejecutivo, asistido por una secretaria ejecutiva con la función de cumplir con los objetivos del Centro y proponer la agenda anual de trabajo. De igual modo como una forma de cooperar en las tareas operativas del Centro se acordó crear un comité ejecutivo con los socios del Centro. Esta misma modalidad de trabajo ha continuado durante la gestión de don Iván De la Maza Maillet como Intendente de la Región de Valparaíso y Presidente del Directorio del CER